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Genomik

Verwenden Ihrer 23andMe-Daten in Plink

Mit dem letzten Preis von 99 $ für 23andMe haben viele meiner Freunde (endlich!) Kits gekauft. Die Interpretationsergebnisse von 23andMe sind jetzt ziemlich reichhaltig, aber es fehlen noch Dinge. Es gibt viele Tools von Drittanbietern, die Sie verwenden können, aber ich weiß, dass einige Leute ihre eigene Datenanalyse durchführen möchten. Es …

Pathan Parahistorie

Mughal Kaiser Akbar In seltsamen Parallels erwähnte Victor Lieberman einen Hinweis auf "turkizisierte Pathaner". Der Begriff nagt an mir. Um den Kontext zu verstehen, skizzierte Lieberman die Auswirkungen der islamischen Zivilisation auf die indische Zivilisation. Manchmal war dieser „Einfluss“ sehr wörtlich. Die …

Zum phylogenetischen Instrumentalismus

ADMIXTURE- und STRUCTURE-Tests sind keine formalen Gemischtests. Ja! Tatsächlich wird diese Frage in der „Open-Science-Community“ immer wieder wiederholt, weil die Leute regelmäßig verwirrt werden (unser Publikum besteht im Allgemeinen nicht aus Bevölkerungsgenetikern und Phylogenetikern). Daher ist es manchmal notwendig, es detailliert wie im obigen Beitrag darzustellen. Der en…

Die Auswirkungen genetischer Abstammungstests

Einstellungen zu DNA-Abstammungstests: Die DNA-Herkunftsprüfungsbranche ist mehr als ein Jahrzehnt alt, aber Details darüber sind nach wie vor ein Rätsel: Es gibt keine zuverlässigen empirischen Daten zu Anzahl, Motivationen und Einstellungen der Kunden, der Anzahl der verfügbaren Produkte und ihrer Merkmale oder die branchenüblichen Gepflogenheiten und Standardpraktiken, die sich ohne spezifische staatliche Vorschriften ergeben haben. Hier…

Persönliche Genomik: mehr als nur Spaß und Spiel

Mein Hauptinteresse an der persönlichen Genomik ist momentan reine Erholung. Ich erwarte nicht viel Nutzen daraus, da viele Korrelationen zwischen Genen (SNPs usw.) und Merkmalen / Krankheiten eher schwach sind. Es gibt jedoch einige Ausnahmen. Kürzlich wurde mir vorübergehend ein verschreibungspflichtiges Medikament verabreicht, und ich wollte überprüfen, ob ich einen schnellen oder langsamen Metabolizer hatte. Das…

WDIST, Plink, aber schneller?

Langjährige Leser wissen, dass ich viel Zeit mit Plink verbringe, der von Shaun Purcell entwickelt wurde. Trotz der bescheidenen Datensätze, mit denen ich spiele, musste ich mich auf das Schreiben von Shell-Skripts berufen, um verschiedene Plink-Manipulationen seriell auszuführen und über Nacht laufen zu lassen. Na…

Warum unterscheiden wir uns noch?

Ich habe bemerkt, dass Karl Smith letzten Sommer gefragt hat: „Warum gibt es kurze Leute?“ Seine Logik ist ziemlich gut, abgesehen von der Tatsache, dass die Fitnessvariation bei Männern viel stärker zu sein scheint als bei Frauen (es gibt einige Hinweise, dass ich das gesehen habe Kürzere Frauen können fruchtbarer sein, obwohl dies durch die Tatsache ausgeglichen wird, dass größere Frauen die Schwangerschaft besser bewältigen können. Auf jeden …

Das Gen (Maschine) und wir

Bei IEEE Spectrum hat Eliza Strickland ein langes Stück, The Gene Machine and Me, das über ihre Erfahrungen mit der Exom-Sequenzierung berichtet (dies bezieht sich auf ~ 1 Prozent des Genoms oder 30 Milliarden Basenpaare, was kodiert). Als IEEE-Spektrum wird viel Wert auf die Genomtechnologie gelegt, aber ich vermute, dass dies 10-20 Jahre später so viel Interesse haben wird wie die Verbrennungsmotoren, die um 1900 für uns verfügbar sind. Mit…

Das Genom ist eine Struktur, nicht nur eine Abstraktion

Hier ist eine schnelle Weiterverfolgung der Studie, die die Defizite bei der Vorhersage von Genomrisiken veranschaulichen soll, und die in den Medien große Beachtung fand: Neil Risch, PhD, ein führender Experte für statistische Genetik und Direktor des UCSF-Instituts für Humangenetik, stimmt einer wichtigen Schlussfolgerung zu, die von den Autoren der Studie, dem Times-Reporter und anderen in der Medienberichterstattung zitierten Experten vorgelegt wurde: Genomstudien sind wertvoller für ihr Potenzial, zu einem besseren Verständnis von Krankheiten weltweit zu führen, als für ihre Vorhersagekraf…

Warum nicht Daten für phylogenetische Papiere freigeben?

Im letzten Monat habe ich festgestellt, dass ein Artikel über spekulative Schlüsse über die phylogenetischen Ursprünge australischer Aborigines durch die Tatsache, dass die Autoren die Daten nicht der Öffentlichkeit zugänglich gemacht haben (genauer gesagt Gleichgesinnte), in ihrer Aussagekraft behindert wurde. Es g…

Verwendung Ihrer 23andMe-Daten: Erkundung mit MDS

Hinweis : Bitte lesen Sie den vorherigen Beitrag zu diesem Thema, wenn Sie noch keine haben. Das obige Bild ist von 23andMe. Es ist von einem Feature, das mit seiner Herkunftskomposition ein bisschen marginalisiert zu sein scheint . Grundsätzlich projiziert 23andMe Kunden eine Visualisierung der genetischen Variation aus dem HGDP-Datensatz.…

Nachteiliger Widerstand als Nebeneffekt der Anpassung

The Pith: Evolution ist ein schlampiger Künstler. In der Fokuszone der kreativen Energie kann die Anpassung mit Präzision erfolgen, aber am Rande der genetischen Landschaft können erschreckende Phänomene aufgrund von Unaufmerksamkeit ausbrechen. In anderen Worten gibt es oft Nachteile für die Anpassung. Vor…

Der Absturz der Genomsequenzierung im Jahr 2007

Dr. Daniel MacArthur schlägt vor: Jetzt möchten wir nicht, dass alle, die in der Genomik arbeiten, dieselbe blau-auf-graue Folie verwenden, um die bevorstehende Datapokalypse zu veranschaulichen. Ich würde also die Leute dazu ermutigen, die Rohdaten herunterzuladen (Warnung: Excel-Datei) und ihre eigenen schönen Bilder zu machen. Me…

Die Zukunft der Genomik ist fast jetzt

Stephen Hsu über die Entwicklungen am Beijing Genomics Institute: Ich war heute am Boden, als der Direktor des BGI mir sagte, dass sie bald eine Sequenzierungsrate von 1000 (menschlichen) Genomen pro Tag erreichen würden (also 10 ^ 5 bis 10 ^ 6 Genome pro Jahr am Horizont sind). Seiner Meinung nach können sie bei einem Preis von $ 5k pro Genom profitabel sein! […

– – Tzi, die Schriftrollen vom Toten Meer der Genomik?

Dienekes weist mich darauf hin, dass Ewen Callaway den Dreck auf dem hat, was mit Гtzi los ist: Um seine Herkunft und Veranlagung für Krankheiten besser in den Griff zu bekommen, sequenzierten Albert Zink, Leiter des Instituts für Mummies und Iceman in Bozen, und sein Team das Kern-Genom eines 3 Milliarden Basenpaares von Г-tziЂ aus einem Hüftknochensplitter. Ihre…

Jared Diamond hatte recht!

Zumindest über einige Dinge. In Guns, Germs und Steel argumentierte er, dass die Streuung der Breiten von landwirtschaftlichen Werkzeugsätzen viel einfacher sei als die Streuung in Längsrichtung . Das scheint richtig zu sein, aber eine Sache, die Diamond im Nachhinein nicht genug betont hat, vermute ich, dass die demografische Diffusion und der Ersatz ein ähnliches Muster haben können. Ich…

Mehr Vielfalt im Personal Genome Project

Vielfalt suchen (vor allem Familien): Da sich das PGP selbst rekrutiert, haben wir keine sehr ausgewogenen Teilnehmer. „Selbständige Rekrutierung“ bedeutet, dass sich alle Teilnehmer durch Mundpropaganda in unser Projekt eingeschrieben haben, unsere Website finden und sich online anmelden. Um es einfach auszudrücken: Das bedeutet , dass wir meistens mit jungen weißen Männern enden . . . Fo…

Technologie & Genetik im 21. Jahrhundert

Ich gehe davon aus, dass es im nächsten Jahr mehr solcher Geschichten geben wird, Gene Machine: Die Maschine, die Ihr Leben verändern könnte, ist ein kompaktes Gerät, das nur 24 Zoll breit, 20 Zoll tief und 21 Zoll hoch ist. Auf einen Blick könnten Sie es mit einem Playskool-Spielzeug verwechseln - oder noch besser mit dem Computer Apple II, der eine Revolution ausgelöst hat. Tats…

Klimaanpassungen & Südeuropäer sind Teil Afrikas

Keine Zeit, sie jetzt zu bloggen. Ich werde es schaffen. Ich möchte Sie jedoch auf zwei Papiere aufmerksam machen, die sich für PLoS Genetics interessieren (all das Gute landet am Freitag!). Anpassungen an klimavermittelte Selektivdrücke beim Menschen: Menschen leben in einer bemerkenswert vielfältigen Vielfalt von Umgebungen, und Anpassung durch natürliche Auslese hat wahrscheinlich eine zentrale Rolle für das Überleben und Gedeihen in extremen Klimazonen gespielt. Im Ge…

Wirklich feinkörnige genetische Karten von Europa

Vor ein paar Jahren haben Sie angefangen, das Scheitel der Studien zu sehen, bei denen im Grunde mehrere hundert Personen (oder Tausende) von verschiedenen Orten aus genommen wurden, und dann die zwei größten Komponenten der genetischen Variation aus den hunderttausenden Varianten herausgesucht wurden. …